Als Zielsetzung für die körperliche Betätigung wurde 1895 der Turnverein Flingen gegründet, welcher später unerwartet zu einem der Traditionsvereine in Deutschland zählen würde. Verschiedene Fußballvereine wurden 1908 zum Düsseldorfer Fußballklub und Spielverein gegründet. Aufgrund einer glücklichen Namensgebung der Schicksalsgöttin Fortuna haben sich die fusionierten Vereine gedacht, dass Fortuna Düsseldorf der beste Name für den aktuellen Verein ist.
Um 1920 spielten Fortuna Düsseldorf immer in der höchsten Westdeutschen Spiel-Verbandsliga und konnten sich dort bereits einen Namen machen. In den darauffolgenden Jahren spielte Düsseldorf mehrfach um die Meisterschaft, aber musste sich bis 1931 immer geschlagen geben. Doch zwei Jahre später 1933 wurde Fortuna Düsseldorf endlich deutscher Meister und konnte sich erstmals für die erfolgreichen Jahre zuvor krönen.
Noch bis heute gehört dieses Ereignis zu den bekanntesten im Verein und den größten Erfolgen. Innerhalb der Kriegszeit konnte sich Fortuna Düsseldorf noch zwei Mal als Vizemeister beweisen und sogar um die Meisterschaft kämpfen. Bis die Bundesliga 1963 ins Leben gerufen wurde, befanden sich die Düsseldorfer in der westlichen Oberliga immer auf Erfolgskurs oder im gesunden Mittelfeld. Sogar dreimal gelang es dem Verein an einem DFB Pokal teilzunehmen, was sicherlich auch zu der erfolgreichsten Zeit in der Vereinsgeschichte gehört.
Fortuna gelang es einfach nicht, sich für die Bundesliga zu qualifizieren und musste sogar in die Regionalliga innerhalb der 60 und 70er Jahre ausweichen. Doch danach kam die Erfolgsgeschichte von Fortuna Düsseldorf zurück, denn 1971 war der Erfolg gegeben und fand in der ersten Liga auch endlich Einzug. Hier konnte sich Fortuna Düsseldorf das eine oder andere Mal wirklich überraschend hervorpreschen, kämpfte um den Europapokal und DFB-Pokal, bevor es wieder eine Etage tiefer in den Ligen ging.
Von 1999 bis 2004 war es den Düsseldorfern nicht vergönnt, in höheren Ligen zu spielen, weil von nun an die schwere Zeit in der Regional- und Oberliga vor dem Traditionsverein stand. Bis 2008 geschahen wahre Wunder bei Fortuna Düsseldorf, immerhin wurde eine komplette Umstrukturierung getätigt, um 2008 wieder zurück zum Profifußball zu gelangen, welcher bis in die Bundesliga reichte. Leider stieg Fortuna Düsseldorf 2012 erneut ab, aber „nur“ in die zweite Liga. Jetzt spielt Fortuna Düsseldorf um den Aufstieg zurück in die Bundesliga, sodass man von dem nordrheinwestfälischen Verein noch einiges mehr erwarten darf.
Berühmte Fans sind im Übrigen die Toten Hosen, welche regelmäßig in der Esprit-Arena zusehen, wie ihre Mannschaft im rot-weißen Trikot gewinnt. Fortuna Düsseldorf gehört zu den Fahrstuhlvereinen mit einer langen Tradition.